Nació en Nueva Orleáns, Luisiana, entonces territorio español, el 10 de junio de 178, fue bautizado en la Catedral de San Luís, fueron sus  padres Don Pedro González de la Galea y Villamil y doña Catalina Joly Lebrun, oriundos ambos de Castropolo, diócesis de Oviedo en Asturias. Español de cepa él, descendientes de franceses ella.

Don Pedro era comerciante y en algún momento se desempeñó como Mayordomo del Hospital Real de Nueva Orleáns.

Los esposos Villamil Joly se preocuparon de darles a sus tres hijos la mejor educación para la época disponible en la ciudad.

Según el relato hecho por el propio José de Villamil conocemos que en 1810 se encontraba en la ciudad de Cádiz, principal puerto de comunicación de España con América.

Convino José de Villamil con sus amigos americanos en marchar a respaldar los movimientos revolucionarios, él iría a Venezuela, mientras Sarratea regresaba a Buenos Aires y Velasco a México. Como resultado de estas actividades se produce la reacción del gobierno y muchos patriotas fueron apresados, entre ellos el General Villamil quien luego fue absuelto por falta de pruebas. Es entonces cuando sus hermanos   deciden sacarlo de Venezuela, pues corría peligro de muerte y lo envían a Panamá. De allí viajó a Guayaquil a donde llegó en 1812.

En 1813 se casó con Ana María Garaycoa, hija de Don. Francisco Ventura de Garaycoa y Romay, español de elevada posición y de Doña: María Eufemia de Llaguno y Lavayen, descendiente de conquistadores y emparentada con los más connotados Guayaquileños.

Sus primeras tres hijas se llamaban Ana maría, Juana y Colombia.

Radicado y casado en el Ecuador, se involucró con la causa revolucionaria, conoció a Bolívar y al general José de San Martín.

En todos los relatos de la independencia de Guayaquil, se describe el papel protagónico que realizó don José de Villamil. El fue el encargado de buscar el apoyo para el movimiento de los notables de la ciudad, seguramente por ser el mayor y más conocido de entre los conspiradores. En su casa se realizaron las principales reuniones para la planificación de los hechos.

Además el cargo militar de Comandante de Milicias de Guayaquil, que ejerciera desde agosto de 1822 hasta abril de 1827, don José ocupó otros cargos y funciones públicas en esa década; en 1820, días antes de la independencia fue nombrado Procurador General por el Cabildo Porteño, ejerció la función de Juez de Incendios y se encargó de contratar bombas para la lucha contra este legendario enemigo de la población. Como Comandante de Milicias debió actuar como Juez Fiscal. En 1825 es nombrado miembro de la Junta Municipal. También ocupó la función de Jefe Político del Cantón Guayaquil en dos ocasiones: la primera vez en 1826 por dos meses y posteriormente en 1829 durante todo el año. En octubre de 1830 es nombrado Corregidor del Cantón, cargo que ocupó hasta 1831; mientras ejerció esa función debió asumir el cargo de prefecto del Departamento, como Interino, en al menos dos ocasiones.

Como tomó la inaudita resolución de irse a colonizar unas inhóspitas islas, ubicadas a más de seiscientas millas del Continente, en el inmenso Océano Pacífico? Si lo que quería era alejarse de Guayaquil para no involucrarse en los detalles de la crianza de sus hijos menores, o si su propósito hubiera sido únicamente hacer fortuna, más y lógico hubiera sido dedicarse a desarrollar una hacienda cacaotera, que era actividad interesante, probada, que continuaba en pleno auge y que se realizaba más cerca de la ciudad.

Ciertamente su afán era patriótico además de económico; las islas del archipiélago de Galápagos habían sido utilizadas principalmente por piratas; en aquella época, eran los balleneros los que recalaban en sus costas para proveerse de agua y alimentos y esa actividad era creciente porque el aceite de ese cetáceo era ampliamente utilizado en el mundo como combustible.

Si los ecuatorianos no  colonizaban las islas, otros vendrían a hacerlo y el archipiélago que por posición geográfica correspondía al Ecuador, podría ser disputado por la Gran Bretaña, que en enero de 1833 le arrebatara las Islas Malvinas a la Argentina con el argumento de que habían granjeros británicos como colonos, o por el Perú, que estaba explotando la riqueza del guano en las islas cercanas a sus costas, o incluso aún, por los Estados Unidos, cuyo afán imperialista empezaba a mostrarse.

Era imprescindible que el gobierno del Ecuador tomara posesión del archipiélago y que pobladores nacionales la habitaran para que no nos fueran arrebatadas.

Villamil tenía la idea de colonizar las Galápagos y explotar la producción de "orchilla", especie vegetal utilizada como colorante, que abundaba en ellas. Convenció al presidente Juan José Flores de que el gobierno le conceda el uso de terrenos baldíos para realizar la empresa. Este a su vez autorizó al prefecto del Guayas, el poeta Olmedo, para que mandara una expedición oficial a tomar posesión de las islas a nombre de la república del Ecuador.

Esta expedición zarpó desde Guayaquil en la goleta "Mercedes" a mando del Coronel Ignacio Hernández y el 12 de febrero de 1832 en la Isla San Carlos, con la presencia de miembros de la "Sociedad Colonizadora del Archipiélago de Galápagos", capellán, capitanes de dos fragatas norteamericanas, tripulantes y los primeros colonos, tomó posesión de las islas para el Ecuador.

La Isla "Charles" en honor al primer presidente del Ecuador se llamó desde entonces Floreana y era la isla que José de  Villamil había escogido para iniciar la colonización.

Villamil no estuvo presente en la incorporación oficial del archipiélago a la república del Ecuador por diversos motivos: acababa de ser padre de Virginia Villamil Rodero, nacida en septiembre de 1831, fruto de la relación del prócer con Doña Juana Matilde Rodero seguramente establecida después de la muerte de su esposa Ana.

En octubre, Villamil recibió el nombramiento de Gobernador General del Archipiélago y de inmediato viajó a Floreana con un contingente de artesanos y agricultores para iniciar el proceso de colonización. Trabajo arduo lo esperaba en las islas durante los siguientes años donde permaneció la mayor parte de su tiempo.

Ciertamente Villamil realizó un delicado, dirigiendo a ex convictos para lograr hacerlos producir y comerciar con los balleneros, como describe en un importante informe; en otros documentos de1835 reporta dificultades en realizar su plan de conducir el agua por cañería desde las fuentes altas del puerto, para venderla a los balleneros.

Se queja además de la falta de instrumentos  de labranza y de un buque adecuado para el transporte con el contingente y para hacer reconocimientos en el resto del archipiélago, con el fin de establecer otras colonias.

Sin embargo, Villamil confirma que luego del reconocimiento realizado en la isla Olmedo en marzo de ese año, había organizado su colonización al mando del portugués José María Troncoso, que con veinte y dos voluntarios de ambos sexos se estableció ahí desde el 8 de junio.

Dice Villamil: Esta nueva Colonia va bien provista de vestuarios víveres herramientas y de buenas embarcaciones menores para la pesca y para la caza de lobos marinos y todo me conduce a pensar que esta tentativa tendrá buen éxito".

En 1837 José Villamil renunció a la gobernación, regresó a Guayaquil y encargó al Señor Pedro Mena para que vea sus intereses Sin los recursos de Villamil ni su don de gente y tacto para organizar a díscolos pobladores el nuevo gobernador Williams, no pudo  mantener el orden. En 1941, los colonos se sublevaron contra el Coronel acusándolo
de tirano y tuvo que huir para salvar su vida. Villamil regresó a tratar de restaurar la empresa colonizadora de Floreana, pero tal era la desorganización y anarquía que he decidido trasladar ganados de su propiedad y muchos de los colonos a la Chatham quedando en la colonia original sólo unos veinticinco incontrolados presidiarios.

Desde 1837, José de Villamil estuvo radicado principalmente en Guayaquil. Regresó a continente luego de haber invertido todos sus recursos en la colonización del archipiélago el acaudalado coronel colombiano, esposo de su hija Ana María había muerto y sus
hijas menores ya entraban en la década de la adolescencia.

Los negocios que había  dejado encargado como sucede en estos casos de largas ausencias del dueño, estaban  descuidados, tenía que rescatarlos mientras seguía empeñado en conseguir nuevos  recursos para invertir en otras posibilidades económicas en las islas, más rentables  que la ganadería y la orchilla.

Le disgustaba el atraso que le causaban a la patria los  enfrentamientos internos dados con desgarradora violencia entre los políticos, tanto en  nuestro país como en nuestros vecinos y antiguos aliados, en los que muchas veces  morían patriotas de la independencia.

En 1841, ante la situación militar con nuestro vecino del Norte, Villamil se reintegró al mando militar, actuando por siete meses como Primer Edecán del General en Jefe del Ejército, General Juan José Flores; en la segunda campaña de Pasto de ese año; en esta  confrontación participa en las acciones de Tangua y Buesaco y fue enviado a Popayán  en una difícil misión ante el General colombiano José María Obando que desempeñó a satisfacción del Presidente.

Luego de esto, tiene que regresar a las islas para resolver los problemas de Floreana suscitados por la sublevación contra la autoridad y tiene que realizar reasentamientos para seguridad de los colonos.

Aprovecha el viaje para hacer nuevas exploraciones en busca de bancos de sal, de carbón y de guano y empieza a concebir la formación de una flota ballenera que explotara ese recurso para beneficio del país, ya que esa activa industria que florecía en el archipiélago era realizada por naves extranjeras y el Ecuador no se aprovechaba  en nada de ella.
Luego de la aprobación de la Constitución de 1843, llamada "Carta de la Esclavitud porque en ella se imponían según los opositores, prácticas dictatoriales en el sistema democrático, se distancia de su amigo Flores y en marzo de 1845 participa en la  revolución liberal contra el Presidente. Interviene en el enfrentamiento de "La Elvira" como Jefe de Estado Mayor del Ejército de la Segunda División y el 5 de junio de ese
año es ascendido a General y nombrado Comandante General de la Primera División va en comisión especial a Riobamba y Cuenca. Fue parte de la convención que se realizó en Cuenca desde octubre de 1845, en la cual sólo luego de repetidos escrutinios fue elegido como presidente Don Vicente Ramón Roca, con las dos terceras partes
de la votación como mandaba la Constitución.

Cuando Flores desconoció los tratados de "La Virginia" y pretendía, con el apoyo de otros países, organizar una invasión a nuestras costas para volver a la presidencia, el General Villamil fue enviado como Jefe de Operaciones a Manabí para preparar la defensa.

En mayo de 1849 hizo uso de las letras de retiro, su intención era salir definitivamente del servicio activo; entonces ejerció las funciones de Contador Mayor de la Provincia del Guayas desde enero de 1850, pero sólo hasta julio de 1851, cuando es reintegrado al servicio activo luego de que el General José María Urbina asumiera el poder.

Una gran insurrección ocurrió en los cuarteles de Guayaquil y Urbina fue proclamado Jefe Supremo de la República. Según Destruge: "El mismo día 17, dictó un decreto nombrando ministro general para el despacho de las diversas ramas administrativas al general José María Villamil; comenzó la organización del ejército; derogó el decreto del 25 de abril que borraba del escalafón militar a ciento sesenta y tres individuos entre generales, jefes y oficiales y dictó otras varias disposiciones".

La sublevación contra el Presidente Noboa tenía varias razones además del malestar militar por el decreto mencionado, se lo acusaba de apoyar el regreso del General Flores, acoger a los jesuitas expulsados de Nueva Granada y en fin, de traicionar al movimiento liberal de marzo de 1845. Noboa fue apresado y desterrado al Perú.

Villamil se sentía orgulloso de su participación en este gobierno; en su hoja de vida de servicio militar él describe al proceso de cambios liberales que se dio en ese gobierno, como la "gloriosa transformación".

En efecto, a escasos ocho días de asumido el Mando Supremo, el 25 de julio de 1851, Villamil firmó con el Jefe de Estado, el famoso Decreto de Manumisión de los Esclavos, por medio del cual se procuraban los fondos de las rentas del impuesto a la pólvora para uso exclusivo de liberar a los hombres y mujeres que aún permanecían esclavizados en el país.

Se creó en cada provincia una Junta "Protectora a la libertad de Esclavos", conformada por las principales autoridades y "cuatro ciudadanos de conocidos sentimientos filantrópicos, los mismos que deberán ser nombrados por el Concejo Municipal de la capital de la provincia", para que supervisaran el cumplimiento del decreto.

En esta administración Villamil fue Ministro General, primero; luego, desde octubre de 1851, Ministro de Relaciones Exteriores, despachando además en ocasiones el del Interior y en 1852, al existir el riesgo de guerra con el Perú, por el apoyo que el gobierno de ese país le daba al General Flores, ejerció como Ministro de Guerra y ‘arma colocándose personalmente al mando de los preparativos en la frontera Sur.

Amainado el peligro de una invasión desde el Perú, el Gobierno se preocupó por los rumores de que Flores habría ido a California para organizar una nueva expedición invasora y decidió enviar al General Villamil como Encargado de Negocios a los Estados Unidos para prevenir el apoyo que le pudiera dar el Gobierno de ese país al inquieto ex Presidente.

Villamil llegó a Washington en junio de 1853 y en su primera comunicación al Ministro de Relaciones Exteriores se advierte lo que sería el punto focal de su gestión, cuando relata que en su viaje desde Nueva Orleans a la Capital había pasado por varios estados del Sur y del Oeste de la Unión; "hallándome en contacto con muchos de los más influyentes hombres de dichos Estados Sud y Oeste, he tenido ocasión de descubrir el pensamiento dominante del día. Este pensamiento se dirige al "Amazonas".

Así lo demuestran sus cartas al Secretario de Estado refiriéndole anuncios de invasión al Ecuador en el "Sun" de Baltimore y en el "Herald" que fueron contestados por el Secretario norteamericano asegurándole que el Gobierno había dado órdenes a las autoridades de Alta California para que impidan tal expedición.

Sin embargo, en una comunicación que envía desde Nueva York en octubre de 1853 al señor Francisco Pablo Ycaza, Encargado de Negocios ecuatorianos ante el Gobierno del Perú, le explica con claro entendimiento del sistema de Gobierno de la Unión Americana en esa época y demostración de su alto sentido patriótico: "El Ecuador no debe buscar su seguridad en nadie.

La tiene en sus manos: en el valor de sus hijos. Del Gobierno de este país muy poco puedo esperar. Aquí no manda el Gobierno sino el pueblo y digan lo que digan las leyes si efectivamente hay en California hombres que quieran asociarse a Flores, ni los legisladores, ni las leyes, ni el gobierno, ni sus agentes podrán cortarlo. Que el Ecuador esté siempre listo y en esto está su seguridad"

Advierte al Gobierno sobre los últimos decretos del Perú y Bolivia, estableciendo puertos libres en sus afluentes al Amazonas y la necesidad de que el Ecuador tome acciones similares para precautelar sus intereses.

Informa sobre la contratación por parte del gobierno del Perú de dos vapores, uno de cincuenta y otro de ochenta toneladas, con los que se propone explotar sus regiones orientales.

En la extensa carta del 7 de junio, que escribe recién llegado a Washington, dice: "No solo necesitamos con urgencia esta exploración que propongo de nuestros afluentes del Amazonas, y la libre navegación de este Río, sino que también necesitamos introducir allá, vapores de ríos, pobladores y comercio y mientras nos hallemos en necesidad de estimularlos por todos los medios adoptables, es de nuestro interés y debe ser nuestro cardinal e invariable principio negar toda concesión de monopolio a menos que sea por muy corto tiempo" .

En octubre de 1853, desde Nueva York, Villamil envía al Gobierno del Ecuador copia de una comunicación que él recibe del empresario americano C. A. Graves, en que le relata las negociaciones que su compañía estaba realizando con agentes de Gobierno del Perú, para introducir vapores por el Amazonas con el fin de traficar entre los recientemente designados puertos libres de Loreto y Nauta e iniciar el comercio amazónico. En diciembre del mismo año Villamil conoció al Teniente Guillermo Herndon de la Marina de los Estados Unidos, quien había explorado el valle del Amazonas y expuesto en su informe y en los planos por él levantados que los ríos, que eran ecuatorianos según los mapas y globos de la época, pasaban por territorio peruano
antes de desembocar en el Amazonas. Se reunió con Herndon y hablando sobre esto el Teniente americano le dijo que: "en todas las embocaduras de los ríos que creía  pertenecían al Ecuador ha encontrado guarniciones peruanas y que por esta razón ha trazado la línea divisoria entre el Ecuador y el Perú como aparece en su plano". Villamil reacciona indignado en esa carta: ¿consentimos que nuestros vecinos incluso el Brasil nos despojen de nuestras tierras, de nuestros ríos, de nuestra importancia comercial?

No puede ser". Villamil insiste enfática y reiteradamente sobre la necesidad de defender las embocaduras de los afluentes ecuatorianos al Amazonas.

El 10 de enero de 1854, vuelve al tema en otra comunicación al Ministro de Relaciones Exteriores: "El Perú con sus usurpaciones ha atacado la integridad del Ecuador; es pues de vital importancia recuperar a toda costa lo que nos ha usurpado; y esto debe hacerse sin pérdida de tiempo, después será tarde, sírvase V.S.H. prestarme su atención".

Villamil pide autorización para actuar y organizar una expedición que establezca puertos libres en las embocaduras de nuestros ríos llevando vapores a los ríos orientales que permitan desarrollar el comercio. Su voz desesperada no fue escuchada. El Ecuador no hizo nada y perdió muy valiosas tierras. Ciento cincuenta años después seguimos mirando de espaldas a la Amazonía. Ni siquiera ahora los ecuatorianos, después de aceptar finalmente la posesión peruana de tierras que esa nación comenzó a ocupar desde antes de 1853, cuando Villamil claramente lo advirtió, hacemos uso del derecho que tenemos a navegar en el Amazonas.

Cuando Villamil regresó de su misión a Washington, lo hizo pasando nuevamente por su Nueva Orleans natal. Consiguió interesar a un inversionista norteamericano, el señor De Brissot, en el proyecto de explotación de guano en las Islas Galápagos como lo indica el 20 de mayo. Regresa al país con el señor J. R. Benjamín, representante del señor De Brissot y comienza a negociar con el Gobierno la adjudicación de la explotación de los bancos de guano que los inversionistas habían descubierto. El convenio aprobado por el congreso se expidió el 13 de noviembre de 1854 y los opositores al régimen comenzaron la campaña de difamación. Liderados por Flores y García Moreno denunciaron una supuesta venta del Archipiélago, por cierto, situación jamás contemplada en el convenio de inversión; sin embargo, el escándalo creado tuvo el efecto deseado, la inversión que hubiera permitido explotar un recurso en esa época valioso se perdió. Los empresarios Benjamín y De Brissot se fueron decepcionados y el país no obtuvo rédito alguno.
En el medio de historiadores guayaquileños se comenta, que el General decepcionado de Ecuador por el escándalo que se había formado ante sus sinceras intenciones encontrar inversiones que desarrollen al país, se fue a California atraído por las  expectativas que en ese territorio existían por la famosa fiebre del oro.

Reaparece en el escenario público ecuatoriano en 1860, cuando tenía ya setenta y dos años. Las fuerzas liberales hacían el último enfrentamiento ante la acometida de los conservadores fortalecidos por el desgobierno que asoló al Ecuador al final del periodo de Robles. El General Flores y García Moreno atacaban Guayaquil y no había quien dirija
la defensa de la ciudad. Los liberales buscaron al viejo General y él se puso el uniforme.

El 7 de  septiembre de 1860 lanza una valiente proclama a sus compañeros, (que por su peculiaridad la hemos incluido como anexo) en la que da una orden terminante: "Si huyo  matadme; Si acometo, seguidme; Si muero, vengadme".

Tomado el control total de la República por don Gabriel García Moreno, José Villamil tuvo que salir desterrado al Perú. Seguramente por consideraciones de su edad y por pedido de su hija Ana María y sus numerosos amigos, el implacable dictador accedió al regreso del General Villamil a Guayaquil. Residió en sus últimos años en la casa
de su hija  mayor, viuda del Coronel Pedro José Alarcón, que no tenía descendencia y con quien  había tenido una estupenda relación. Cuando un grupo de personas, cuyos padres ya  fallecidos participaron en la Revolución de Octubre de 1820, con gran acierto le solicitaron al respetable General que haga una reseña histórica de la Independencia
de Guayaquil, Villamil accedió gustoso. Trabajó en base a sus notas y por medio de un amigo hizo  editar su obra "Reseña de los Acontecimientos Políticos y Militares de la provincia de Guayaquil, desde 1813 hasta 1824" por Tomás Larriega en la imprenta de "El Céfiro" de la ciudad de Lima en 1863.

Don José Villamil falleció en Guayaquil a los 77 años, el 12 de mayo de mayo de 1866. Lúcido hasta el fin de sus días, cuenta uno de sus biógrafos, que en la víspera de su muerte, esperaba impaciente por el resultado de la incursión que la encuadra española realizaba en este año a las costas de las naciones sudamericanas del Pacífico.

El Gral. José Villamil está enterrado en el cementerio general de Guayaquil.